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1. iBlog で対象ブログの「フォルダ」をダブルクリックして、そのブログの設定画面を呼び出します。
2. その画面の「表示設定」(オリジナルは変な訳になっている)タブをクリックして、表示に関する設定画面に切り替えます。
3. 「テンプレートセット」セレクタから一旦別なテンプレートセットを選択する。
4. もう一度「テンプレートセット」セレクタから本来のテンプレートセットを選択する。
5. 「保存」ボタンをクリックする。
6. プレビューをする。

コメントが消えるのではなく、テンプレートがうまく適用されないらしいです。テンプレートにはない <br /> が入っていたり、入っているはずの meta 要素がなかったりしていました。かといって例えばデフォルトのテンプレートが用いられたわけでもなく、選ばれているテンプレートとデフォルトのテンプレートとがミックスされた感じです。