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MOLMOLの使い方

とりあえずやってみる

1.MOLMOLのダウンロード
2.画面の説明
3. PDBファイルの読み込み
4.きれいなリボンで表示
5.色を変える
6.MOLMOLファイルの保存、読み出し
7.画像の書き出し

もっとさわってみる

8.分子の選択、表示、移動
9.分子の消去、取り消し
10.アミノ酸を表示(コマンド入力)
11.コマンドを使い込む(Select
12.ソフト付属の説明(ヘルプ)を参照、コマンドのヘルプ
13.選択したら、何をする? (大きさ、色、長さ、スタイル、ラベル)
14.解像度を変える
15.画面描画精度を変える、画面描画遅延時間の変更
16.分子の回転中心を変更
17.マクロとなれ親しむ

応用編

1.画像の書き出しその2
2.デスクトップをクールに、画面の隅で分子が回転
3.1回転のムービーを作る

作者について

MOLMOLの使い方

応用編

3. 1回転のムービーを作る

「MOLMOLのきれいな映像でプレゼンテーションを作りたい。」
「せっかく3次元映像なので、分子を1回転したい。」
やってみましょう。できないことはありません。

まず、ムービーを作るには、その1コマ1コマの画像を作成し、それをまとめて1つのムービーにします。
MOLMOLには、回転、画像出力はできますが、ムービーを作る昨日は備わっていないので、コマの画像を作成した後は、外部のアプリケーションの力を借りることになります。
コマ画像から動画を作るためのソフトとして、市販のものでは、Quick Time Pro (QuickTime, .mov), RealAudio (.rm), Windows Media などがありますが、作者は、マック専用シェアウェアのグラフィックコンバーターを愛用しています。グラフィックコンバーターはシェアウェア(4,300円)で、本来、画像のフォーマットを変換するのに強いソフトですが、簡単な画像の編集などはフォトショップよりも使いやすく、スライドショーも便利で、シェアウェア料金を払えば、2枚以上の画像に同じ処理をさせるのを自動化できるという、とてもおいしいソフトなのです(決して作者のまわし者ではありません)。そして画像を扱うと同時に、クイックタイムムービーも作成できるのです。
ただ、もともとムービーを作りたいだけなら、QuickTime Proの方が安いし(3,780円)、動画に特化して使いやすくいいと思われます(アップルのまわし者でもありません)。

<コマになる画像を作製>

基本的には、
  1. 分子の回転RotateXもしくはRotateY、RotateZ
  2. 画像の保存PlotTiffなど)
を、分子が1回転するまで繰り返します。
たとえば分子を横に5度ずつ回転し、1回転する場合は、
RotateY 5
PlotTiff 01.tif

...
RotateY 5
PlotTiff 72.tif

と、1と2の操作を72回繰り返せば、72枚のコマ画像が得られます。
これを手でいちいちやるのは面倒なので、マクロを使います。
テキストファイルに、上の内容を書き込んだファイルを作り、
[File] → [Macro] → [User...]
で、テキストファイルを選択します。
注意1)マクロを実行すると、それを実行している間は、マウスの反応が遅くなったり、フリーズしたように見えたりすることがあります。辛抱強く待ちましょう。
注意2)マクロを実行する前に、画像の大きさ、解像度を確認して下さい。巨大な画像を数十枚作ると、それに比例して計算時間が長くなります。


下はマクロのサンプルです。テキスト保存して用いて下さい。これらのファイルは表計算ソフトと、テキストエディタの検索・置換機能で作りました。これを参考にして自分で作ってもいいし、これをさらにテキストエディタで検索・置換を行えば独自の回転をさせることができます。 改行コードはunix用のLFになっています。MacOS Xを含めたUNIX系のOSではこのまま、Windowsでは改行コードをCRLFにする必要があると思います。

これで、自分のホームディレクトリもしくは、MOLMOLを立ち上げた時のディレクトリに数十枚のファイルが溜まったと思います。新しいフォルダを作成し、その中にこれらの画像ファイルを入れて下さい。
次は動画の作製です。

<動画の作製>

動画の作製は別のソフトを用いますが、ここでは、私が使っているGraphic Converterで説明します。もちろん、たのソフトでも、見た目(インターフェース)が違うだけで、することは同じです。また、私のコンピューターは英語版なので、コマンドも英語ですが、日本語でも似たような意味のものが見つけられると思います。
  1. Graphic Converterを起動。
  2. [File] → [Convert & Modify]
  3. ウィンドウ左部分で、コマ画像ファイルすべてを選択。
  4. ウィンドウ右部分で、保存先を指定。
  5. フォーマット(Dest. format)を、Moov - QuickTime movie (*.MOV)にする。
  6. Optionで、品質、1秒何コマ、キーフレームを設定する。キーフレームは、数字を小さくすればするほど、より動画がスムーズになります。
  7. [Action]Convertにする。
  8. Go を押す。
出来上がった動画を確認して下さい。
もし、サイズを変更したい、動画の端を切り取りたいというときは、GraphicConverterでは動画自体を加工はできませんが、もとの数十枚のコマ画像を一括に変換することができます。これは先ほどの[Convert & Modify]で行います。



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