YAB's
MOLMOLの使い方

とりあえずやってみる

1.MOLMOLのダウンロード
2.画面の説明
3. PDBファイルの読み込み
4.きれいなリボンで表示
5.色を変える
6.MOLMOLファイルの保存、読み出し
7.画像の書き出し

もっとさわってみる

8.分子の選択、表示、移動
9.分子の消去、取り消し
10.アミノ酸を表示（コマンド入力）
11.コマンドを使い込む（Select）
12.ソフト付属の説明（ヘルプ）を参照、コマンドのヘルプ
13.選択したら、何をする? (大きさ、色、長さ、スタイル、ラベル）
14.解像度を変える
15.画面描画精度を変える、画面描画遅延時間の変更
16.分子の回転中心を変更
17.マクロとなれ親しむ

応用編

1.画像の書き出しその２
2.デスクトップをクールに、画面の隅で分子が回転
3.１回転のムービーを作る
作者について

MOLMOLの使い方

応用編

1.画像の書き出しその２

MOLMOLの画像は、そのまま出力してもとてもきれいですが、画像描画専門のソフトへデータを受け渡すことができます。MOLMOLでの保存形式には、以下のようないろんな形式がサポートされています。
  • PlotFm3　：FrameMaker 3(MIF)
  • PlotFm4　：FrameMaker 4(MIF)
　　　　　　FrameMaker形式で保存する。
  • PlotPs　：PostScript形式で保存する。
  • PlotMeta　：ウィンドウズのメタファイル（Metafile）形式で保存する。
  • PlotTiff　：TIFF形式で保存する。
  • PlotJpeg　：JPEG形式で保存する。
  • PlotPng　：PNG形式で保存する。
  • PlotBmp　：ウィンドウズのビットマップ(BMP)形式で保存する。
  • PlotPov　：POV-Ray。フリーのレイトレーシングソフト、POV-Ray形式で保存する。
  • PlotMpov　：MegaPov。フリーのレイトレーシングソフト、Mega-POV形式で保存する。
  • PlotRib　：RenderMan。Pixar StudioのRenderMan形式で保存する。
  • PlotVrml1　：VRML 1.0　形式で保存する。
  • PlotVrml2　：VRML 2.0 (VRML97)　形式で保存する。

筆者が知っているものでいえば、PostScriptからBMPまでは２Dで、画像そのままを保存する方法です。
POV-RayとMegaPOVは、3Dデータを出力し、フリーのレイトレーシングソフト、POV-RayもしくはMegaPOV上で再描画し、画像を作る方法です。POV-Rayのフォーマットを知っていれば、自分でオブジェクトを追加することもできますが、かなりの勉強が必要です。
VRML 1.0 と 2.0 は、3Dデータを出力します。VRMLとは、Virtual Reality Markup Language形式で、対応している３Dモデリングソフトもいくつかあります。

ただ、３Dデータで出力する場合、リボンにするとデータが極端に大きくなり、タンパク質が大きくなるとファイルの大きさも膨大になるので、注意が必要です。たとえばタンパク質の長さが300残基をこえると、ファイルサイズが50M、100Mを平気で超え、読み込むソフトがそれに耐えられない場合もあります。筆者もいろいろ試しているのですが、いまだに思った通りにうまくいったことがありません（FrameMakerとRenderManを試したことがないので、これだとうまくいくのかも）。

2.デスクトップをクールに、画面の隅で分子が回転

友達に「おぉ〜、すげ〜」と言われるために、自分の満足感のために、映画で出てきそうなデスクトップを作るために、そう、ただそれだけのために、デスクトップを近未来にしてしまいましょう。
この方法は、MOLMOLで作成した分子を、デスクトップの隅で仕事の邪魔にならないように、さり気なく回転させておく方法です。
注意：分子をスムーズに回転させるには、ある程度のマシンパワーが必要になります。マシンパワーがあればより大きな分子を、より大きな画面で、よりスムーズに動かすことができます。

  1. まず表示したい分子を画面に表示する。
  2. マウスで分子を回転し、回転中心が正しい位置にあるか確認する。回転中心を設定する。
  3. [Option] → [Rock] → [Start]もしくは、コマンドラインでStartRockと入力する。
  4. パターンを入力する。
  • once, cycle　：繰り返しの設定
  • delay(ms)　：次の回転までの時間（ミリ秒）
  • Phase1, X rotation　：X軸（画面の水平）を中心に回転（°）
  • Phase1, Y rotation　：Y軸（画面の垂直）を中心に回転（°）
  • Phase1, Z rotation　：Z軸（画面の奥行き）を中心に回転（°）
  • Phase1, steps　：何回繰り返すか
  • Phase2, X rotation　：X軸（画面の水平）を中心に回転（°）
  • Phase2, Y rotation　：Y軸（画面の垂直）を中心に回転（°）
  • Phase2, Z rotation　：Z軸（画面の奥行き）を中心に回転（°）
  • Phase2, steps　：何回繰り返すか

Phase2が入力してあると、Phase1を終えた後、Phase2を実行します（繰り返しの場合、1,2を交互に繰り返す）。
OKを押すと、分子が回転し出す。

  1. [Option] → [User Interface] もしくは、コマンドラインでUserInerfaceと入力する。
  2. チェックを全て外す。（ウィンドウ内のメニューや、右のアイコンが全て消えます）
  3. ウィンドウの大きさを好きな大きさに合わせて、邪魔にならない場所に移動。

どうですか？動きがぎこちない時は、４のパターン設定を変えてみて下さい。

え？メニューがない？コマンドラインを入力する場所もない？さてどうしましょう。

注：現在(8/23/2003)、筆者の環境（MacOS X v.10.2.6, X11 Beta 3-XFree86 4.2.1）では、メニューバーが消えなくなってしまいました。同じMacOS X v.10.2で以前はうまく消えていたはずですが、原因不明です。

＜メニューの戻し方＞

  1. MOLMOLのウィンドウをクリックし、最前面にする。
  2. キー入力。「U」「S」「I」を順に押す。（UserInterfaceコマンドの意味）
  3. チェックを全部つける。
  4. 分子の回転をとめるには、[Option] → [Rock] → [Stop]もしくは、コマンドラインでStopRockと入力する。



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