YAB's
MOLMOLの使い方

とりあえずやってみる

1.MOLMOLのダウンロード
2.画面の説明
3. PDBファイルの読み込み
4.きれいなリボンで表示
5.色を変える
6.MOLMOLファイルの保存、読み出し
7.画像の書き出し

もっとさわってみる

8.分子の選択、表示、移動
9.分子の消去、取り消し
10.アミノ酸を表示（コマンド入力）
11.コマンドを使い込む（Select）
12.ソフト付属の説明（ヘルプ）を参照、コマンドのヘルプ
13.選択したら、何をする? (大きさ、色、長さ、スタイル、ラベル）
14.解像度を変える
15.画面描画精度を変える、画面描画遅延時間の変更
16.分子の回転中心を変更
17.マクロとなれ親しむ

応用編

1.画像の書き出しその２
2.デスクトップをクールに、画面の隅で分子が回転
3.１回転のムービーを作る
作者について

MOLMOLの使い方

もっとさわってみる（その４）

17.マクロとなれ親しむ

マクロとは、アプリケーション上で実行可能な短いプログラムで、使いこなせば大変便利なものですが、マイクロソフトのマクロウイルスのように、悪いことにも使われるので、引いてしまうかもしれません。しかしMOLMOLのマクロは、システムには命令を送らないので、安全です（システムコールも出来るが、それはシェルで書くのでマクロの範囲外）。

MOLMOLのマクロとはどんなものかと言うと、これまで勉強してきたコマンドライン命令を、まとめて１つのファイルにしたものです。
手っ取り早く、マクロを作ってみましょう。
一番手っ取り早い方法は、作業を記録することです。
  1. [File] → [Macro] → [Record] を選択。
  2. ウィンドウ(Macro Recorder)右下の [automatic record] をチェック。
  3. ウィンドウを横に移動して、タンパク質をクリックしたり、色を変えたりしてみます。
  4. Macro Recorderウィンドウに戻り、 [automatic record]のチェックを外す。
  5. [Save]ボタンで、マクロを保存。
これでマクロが出来上がりです。
<マクロの実行>
  • 記録中に行った作業部分を変更する（色をもとに戻すなど）。
  • [File] → [Macro] → [Execute User...]
  • 保存したマクロファイル（デフォルトでnew.mac）を選択する（おそらくホームディレクトリにある）。
実行されましたか？

この方法では、同じことを繰り返しただけで、ちっとも便利ではありませんが、便利になるのはこれからです。
たとえば、
  • あるタンパク質のファミリーのPDBファイルすべてをリボン表示して、画像出力する。
  • 原子１つ１つに、ある法則に乗った別々の色を付ける。
  • 分子を数度刻みで回転させながら、画像を出力する。
などと言う時には、いちいち手でやったら大変です。
そんな時は、テキストエディタで、コピー＆ペーストを駆使して、同じ作業を複製したファイルを作って、それを実行させれば簡単です。
マクロの有効性の一番顕著な例は、スタンダードマクロに登録されているものです。MOLMOLアプリケーションのmacrosディレクトリにあるマクロ群をテキストエディタで開くと、とても参考になる内容がしるされています。


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