MOLMOLの使い方

もっとさわってみる（その３）

13.選択したら、何をする？

選択したら、早速、何かしましょう。メニューの [Attr] あたりを探すと何か出てきます。MOLMOLは奥が深いので、これで全部ではありませんが、とりあえずこれだけ知ってたらかなりのことが出来るでしょう。

＜大きさを変える＞

それぞれの半径を設定ます。単位は、オングストローム（Å）です。

RadiusInit　：初期設定を設定。

RadiusAtom　：原子半径を設定します。

RadiusBond　：結合の線の半径を設定します。

RadiusDist　：2原子間を結ぶ線の半径を設定ます。

RadiusPrim　：プリミティブ（α-ヘリックスでもβ-シートでもない部分）の半径を設定します。

例：RadiusAtom 1.38

＜色を変える＞

ColorDialogを用いたときと同じ効果。スペースで区切った0から１までの３つの数字（赤　緑　青）であらわします。

ColorInit　：初期設定を設定。

ColorAtom　：原子の色を設定します。

ColorBond　結合の色を設定します。

ColorDist　：2原子間を結ぶ線の色を設定します。

ColorPrim　プリミティブの色を設定します。

例：ColorBond 1.0 0.5 0.5

＜長さを変える＞

棒の長さを変更します。

LengthBond　：結合の長さを変える。０から１がもとの長さ。

例：LengthBond -0.5 1

LengthPrim　：プリミティブの長さを変える。プリミティブを作成された時に用いられた残基の番号で設定。リボンの場合はN末端から数えた残基番号。プリミティブ１つを選択して数字を与えずにコマンドを実行すれば、現在の位置が表示される。

例：LengthPrim 130.5 135.5

＜スタイルを変える＞

表示スタイルを変更します。スタイルダイアログを参照。

StyleAtom　：原子の表示スタイルを変更する。

StyleBond　：結合の表示スタイルを変更する。

StyleDist　：２原子間を結ぶ線の表示スタイルを変更する。

StyleRibbon　：プリミティブの表示スタイルを変更。

例：StyleBond neon
例：StyleRibbon invisible

＜ラベルをつける＞

ラベルを付けます。R は残基名、Nは残基番号、Aは原子名を表示し、その他の文字はそのまま出力されます。

LabelAtom　：原子にラベルをつけます。ラベルの色は原子の色になります。

LabelDist　：２原子間を結ぶ線にラベルをつけます。

例：LabesAtom 'R N'

他にもいろいろあるので自分で探してみて下さい。

14.解像度を変える

　画像を書き出したのに小さい、もしくはきれいじゃない。そんな場合は解像度を変えられます。解像度を変えるには、

[Options] → [Plot] → [Parameters...]

を選択します。すると右のような PlotPar ウィンドウが開きます。
右では単位がデフォルトの cm になっていますが、これは、

[Options] → [Plot] → [Unit...]

で変更できます。

紙のサイズ(Paper Width, Height)　：紙のサイズ。
プロットサイズ(Plot Width, Height)　：プロットサイズ。どちらかを0にすれば縦横比が自動で計算される。（私の環境では、変えても何もおきません）
解像度(Resolution)　：細かさ。正確には、画像の水平の点の数。数字が大きくなるほどきめが細かくなるが、その分時間とメモリを要するので、注意が必要。私の環境では、だいたい 2000 〜 3000 位が上限。
精度(Precision)　：１〜４。数字が大きいほど精度が上がる。

ステレオ(Stereo)　：ステレオビュー（２つの画像を同時に見て立体に見る方法）にする。
影(Shading)　：影をつける。
隠れた部分の除去(Hidden Surface Elimination)　：影(Shading)をチェックした時のみ有効。計算に時間がかかるが、球やシリンダー、プリミティブが入ったきれいな画像を表示する時には必要。
90度回転(Rotate 90)　：縦の分子を、横置きの紙にプリントする時に使用する。

ガンマ(Gamma)　：１をはさんで小さければ明るく、大きければ暗くなる。
JPEG品質(JPEG Quality)　：JPEGで保存する際に、100から数字が小さくなるほど目が粗くなり、ファイルサイズが小さくなる。

15.画面描画精度を変える

大きな分子をリボン表示したり、分子表面を表示したり、計算に時間がかかる分子を表示をさせると、どうしてもマウスドラッグで回転させる時に重く感じるようになってしまいます。そういう時には、画面描画の精度を下げます。

[Options]→ [Drawing Precisions...]

で、左のようなウィンドウが表示されます。
値の範囲は１〜４で、大きくなるほど精度が高い。

描画精度(Drawing Precision)　：静止状態時の画面描画精度。
移動時精度(Moving Precision)　：マウスドラッグ時の描画精度。

＜画面描画遅延時間の変更＞

また、メニューで Drawing Precision... の１つ上にある、

[Options]→ [Drawing Delay...]

で、描画遅延時間を変更するのも有効な手段です。これは、マウスを動かしてから実際に分子の移動度を計算しはじめるまでの時間を設定するもので、単位はミリ秒です。速いコンピューターで数字を小さくすれば、よりスムーズに分子が動きますし、それほど速くないコンピューターでは、数字を大きくした方が、ストレスを感じません。

16.分子の回転中心を変更

マウスドラッグ時の、分子の回転中心はその中心となる原子を選択して変更します。

中心となる原子を、SelectAtomで選択する。
メニューの[Edit] → [Center] もしくはコマンドラインで、Centerと入力。

選択した原子が複数ある場合、その中間地点が中心となります。

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