YAB's
MOLMOLの使い方

とりあえずやってみる

1.MOLMOLのダウンロード
2.画面の説明
3. PDBファイルの読み込み
4.きれいなリボンで表示
5.色を変える
6.MOLMOLファイルの保存、読み出し
7.画像の書き出し

もっとさわってみる

8.分子の選択、表示、移動
9.分子の消去、取り消し
10.アミノ酸を表示（コマンド入力）
11.コマンドを使い込む（Select）
12.ソフト付属の説明（ヘルプ）を参照、コマンドのヘルプ
13.選択したら、何をする? (大きさ、色、長さ、スタイル、ラベル）
14.解像度を変える
15.画面描画精度を変える、画面描画遅延時間の変更
16.分子の回転中心を変更
17.マクロとなれ親しむ

応用編

1.画像の書き出しその２
2.デスクトップをクールに、画面の隅で分子が回転
3.１回転のムービーを作る
作者について

MOLMOLの使い方

もっとさわってみる（その２）

11.コマンドを使い込む(Select)

　コマンドが使えると何でもできます。これまでしてきた、全てのことがコマンドでできます。 コマンドで出来るということは、どういうことかというと、記録しておいて、後で同じことを 繰り返させることが出来るということ。繰り返しの動作を自動化できるということ。 な〜んでも出来るということです。難しいと思わずに、 とりあえずやってみましょう。
選択
MOLMOLの選択には、分子（Mol）、原子（Atom）、結合（Bond）、 2原子間を結ぶ線（Distance, Dist）、そしてプリミティブ（Primitive, Prim） があります。色を変えるウィンドウにも、Atom、Bond、Dist、Dist2、Prim、Prim2というボタンがあったと思います。これらの選択はそれぞれ独立していて、原子を選択した後に結合を 選択しても、原子は選択解除されず、選択されたままです。
選択する種類が５種類あるように、選択するコマンドも５種類あります。
（本当はあと2種類、残基（Res）と角度（Angle）がありますが、混乱を避けるためにここでは省きます。）
  • SelectMol
  • SelectAtom
  • SelectBond
  • SelectDist
  • SelectPrim
この後に、どれを選択したいかを書きます。
実際は、法則に乗っ取った説明があるのですが、長文になるわりにかなり難しいのと、私も 全ては理解していないので、例を書いて説明することにします。これで応用をつかんでいって下さい。（ヘルプに英語の説明があります。ヘルプの参照の仕方）

<SelectMol>

○　分子を選択します。分子の削除、特定の分子に対しての操作などに使います。

  • SelectMol 'Mol.num = 2'　：分子番号2の分子を選択。

  • SelectMol '#2'　：分子番号2の分子を選択。上と同じ。

<SelectAtom>

○　原子を選択します。ボール表示、分子表面の計算などに使います。

  • SelectAtom 'res.num = 32'　：残基番号３２の原子すべてを選択。
  • SelectAtom 'res.num = 32,64,221' 　：残基番号３２、64、２２１の原子すべてを選択。
  • SelectAtom 'mol.num = 1 & res.num = 32,64,221 & atom.name = "CA" ' 　：分子番号が１で、残基番号32と64と221、さらに原子名が「CA」つまりCαの原子を選択（３つの原子が選択される）。
  • SelectAtom 'mol.num = 1 & res.num = 1..10 & atom.name = "C*" ' 　：分子番号１で、残基番号が32から221まで、そして原子名が「C」もしくは「C」で始まる原子。
  • SelectAtom 'mol.num = 1 & res.num = 32,64,221 & sc' 　：分子番号１で、残基番号が32と64と221の側鎖の原子を選択。
  • SelectAtom 'mol.num = 1 & res.num = 32..221 & bb' 　：分子番号１で、残基番号が32から221までのバックボーンの原子を選択。
  • SelectAtom '! (res.num = 32..221)'　残基番号が３２から２２１までではない原子を選択。

  • SelectAtom ':32,64,221' 　：残基番号３２、64、２２１の原子すべてを選択。３つ目と同じ意味。
  • SelectAtom '#1-2:32-42' 　：分子番号１から２の残基番号が32から42までの原子を選択。
  • SelectAtom ':1-5,20-25@C,CA,N' 　：残基番号１から５、２０から２５の、バックボーン原子（原子名がC,CA,N）を選択。

<SelectBond>

○　結合を選択します。ワイヤー表示、ネオン表示などに使います。

  • SelectBond 'res.num = 188' 　：残基番号188のアミノ酸の原子間の結合を選択。
  • SelectBond 'res.num = 188 & sc' 　：残基番号188のアミノ酸の側鎖の原子間の結合を選択。
  • SelectBond 'res.num = 188 & atom1.name = "CA" & atom2.name = "CB" ' 　：残基番号188のアミノ酸のCαとCβ間の結合を選択。
  • SelectBond 'atom1.name = "CA" | atom2.name = "CA" ' 　：原子1の名前がCAもしくは、原子2の名前がCA。つまり、CAにつながっている結合を選択。

<SelectDist>

○　Cαのトレースモデル（バックボーン表示）を用いた時に、各Cα間を結ぶ線を選択する 場合、もしくは水素結合を表示した時に使用します。マクロ、「ca_trace.mac」を試してみましょう。

  • SelectDist 'res1.num = 7 | res2.num = 7' 　：残基１の番号が７もしくは残基２の番号が７の２原子を結ぶ線。

<SelectPrim>

○　プリミティブを選択します。α-ヘリックス、β-シートといった選択ができます。
  • SelectPrim 'prim.num = 1'　：プリミティブ番号１を選択。
  • SelectPrim 'sheet'　：β-シートすべてを選択。
  • SelectPrim 'coil'　：コイル構造すべてを選択。
  • SelectPrim 'mol.num = 1 & ! helix'　：分子番号が１で、ヘリックスでないものを選択。
メニューを見ているうちに気が付いた方もいるかもしれませんが、このSelect コマンドはメニューの
[Prop] → [Select]
の中からも 選択できます（右図）。
しかし、結局、どれを選択するか（上のコマンドの右部分）はキー入力するので、 それなら最初からコマンドラインで入力した方が混乱しなくていいでしょう。

12.ソフト付属の説明（ヘルプ）を参照、コマンドのヘルプ

各ウィンドウには [Help] というボタンがついており、説明が見れます（英語です）。これが一番手軽なヘルプの見方ですが、ウィンドウが開かないコマンドでは、以下のようにします。
コマンドのヘルプを見るには、メインウィンドウ右上の
[Help] → [Command]
もしくはコマンドラインで、
HelpCmd
を入力すると、 下のコマンドラインのところが となり、コマンドを入力するとそのヘルプが表示されます。
ただ、表現がかなり専門的になるので、がんばって解読して下さい。


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