YAB's
MOLMOLの使い方

とりあえずやってみる

1.MOLMOLのダウンロード
2.画面の説明
3. PDBファイルの読み込み
4.きれいなリボンで表示
5.色を変える
6.MOLMOLファイルの保存、読み出し
7.画像の書き出し

もっとさわってみる

8.分子の選択、表示、移動
9.分子の消去、取り消し
10.アミノ酸を表示（コマンド入力）
11.コマンドを使い込む（Select）
12.ソフト付属の説明（ヘルプ）を参照、コマンドのヘルプ
13.選択したら、何をする? (大きさ、色、長さ、スタイル、ラベル）
14.解像度を変える
15.画面描画精度を変える、画面描画遅延時間の変更
16.分子の回転中心を変更
17.マクロとなれ親しむ

応用編

1.画像の書き出しその２
2.デスクトップをクールに、画面の隅で分子が回転
3.１回転のムービーを作る
作者について

MOLMOLの使い方

もっとさわってみる（その１）

8.分子別の選択、表示、移動

　ファイルによっては１つのPDBファイルに2分子以上が入っている場合があります。もしくは、 １つの画面で２つ以上のタンパク質立体構造を表示したい時があります。そんな時はウィンドウ右のを押し、小さいウィンドウを表示させます。
sel 　：分子の選択
disp　：分子の表示／非表示
move　：は分子の移動の可／不可
ウィンドウの下に表示されているのが分子名で、PDBコード＋各分子の識別子が入ります（この場合001~003）。試しに、disp をクリックし、下に表示されている分子の名前をクリックしてみて下さい。選択されている分子以外が画面から消えます。
二つ以上同時に選択するには、コントロールキー（機種に依存、AltもしくはCtrlキー）を押してクリックします。
move は、移動する分子を選択しますので、選択されている分子のみが移動します。分子間の位置を変えたくない場合は触らない方がいいでしょう。



9.分子の消去、直前の作業の取り消し（アンドゥー）

いろいろやっているうちにぐちゃぐちゃになったので、最初からやり直したい。そんな時は、分子を消去します。上の方法で消したい分子を選択して、メニューから、
[Edit] → [Molecule] → [Remove]
これで、この分子が持っていたリボンその他全てのものが消えます。
逆に、消したくないものを消してしまった。取り消しコマンドは・・・、もちろんあります。
[Edit] → [Undo]
ただしこれは、１回しか効きません。さらにマウスドラッグでの分子の回転は取り消しできません。


10.アミノ酸を表示

　リボンだけでもきれいですが、もちろん仕事に使うなら目的の残基だけハイライトできないと 話になりません。活性中心や変異を入れた残基を、原子の球で表示したり、ワイヤーフレームで 表示し、目立つ色を付ければより見やすくなります。これを行うには、ちょっとしたキー入力が 必要になってきます。
（キー入力は全て半角でおこなってください）
MOLMOLでは、まず部分を選択（Select）、そして次のコマンドで修飾するという手順です。
説明は後にして、とりあえず表示させてみましょう。
まずウィンドウの下のキー入力欄に、
  1. 「sel」と入力します。MOLMOLは自動的に単語を判別し、「Select」と表示されます。
  2. 続けて「b」と入力すると、またまた自動で「SelectBond」まで表示され、その後に、スペース が１つ追加されます。
これでコマンドの最初の部分は完了しました。ここからが気を付けなくては いけない部分ですが、
  1. 「'res.num = 32,64,221'」と入力（この酵素の活性中心残基である、Asp32、His64、Ser221 を残基番号で選択）。
このように表示されます。
SelectBond 'res.num = 32,64,221'
するとその下に、「25 bonds selected(25個の結合を選択した)」と表示されます。

  1. 画面右側のボタンの中から を選択します。
すると新しいウィンドウが開きます（右）。後で詳しく説明しますが、現在選択し ているのは、Bond（結合）なので、
  1. 中央の列のBondの下のボタンのどれかを適当に押してみる。
分子中の１部分（ここが活性中心）がいろいろな表示に切り替わります。筆者がよく使うのはneonです。その証拠に、メインウィンドウの右側のボタンにもよく使う が出ています（ほぼ同じ意味）。

<Atom(原子)のスタイルの変更＞

　上では、Bond（結合）を選択しましたが、同様のことがAtom（原子）についてもできます。次のように入力します。
  1. SelectAtom 'res.num = 32,64,221'
すると今度はその下に、「27 atoms selected（27個の原子を選択した）」と表示されます。 そして、結合の時と同様に、
  1. Atomの列の下にあるボタンを押す。
あまり変わりませんね。
デフォルトの設定では小さい粒でしか表示してくれません。そこで、
  1. メインウィンドウ右のボタン の中から を選択して下さい。
今度は大きな球が表示されました。

実は、この球の大きさも、先ほどの結合の太さも変更できます。
メニューから、
[Attr] → [Radius] → [Bond...]
もしくは、
[Attr] → [Radius] → [Atom...]
で数値を変えると、表示も変わります。





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