MOLMOLの使い方

とりあえずはじめる編

1.MOLMOLのダウンロード

MOLMOLのオフィシャルウェブサイトはここです。
http://www.mol.biol.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/
ここからダウンロードのリンクが張られています。

MacOS Xでのインストール方法

LinuxPPC版は同じ場所にあるはずですが、現在ありません。
現在のバージョンは molmol-2K.1-2.ppc.rpmです。エラーが出る場合は、Googleで「molmol ppc.rpm」で検索してみて下さい。

Windows版、unix版、他のlinux版はすべて
ftp://ftp.mol.biol.ethz.ch/software/MOLMOL/
にあります。

MacOS 9以前のバージョンには残念ながらMOLMOLは動きません。

基本的に筆者はMacOS X版を用いて説明しますが、ソフト自体の使い方はどの機種のバージョンでも全く一緒です。
違う部分はそのつど説明します。

2.画面の説明

うまく立ち上がれば、上図のようにウィンドウの上にメニュー、右側にボタン、その他小さなウィンドウが立ち上がります。

もし、メニューが表示されない場合は、インストールに失敗している可能性があります。例えば、ドキュメントファイル（molmol-2k.2.0-doc.tar.gzというような、ファイル名に"-doc"がついているファイル）が正しくインストールされてない（インストールする場所に注意）とこうなります。
もしくは、立ち上がる以前に終了してしまう場合、ソフト自体がシステムに合っていないことが考えられます。ダウンロードしてきたファイルが自分のシステムに合っているか確認しましょう。

3.PDBファイルの読み込み

さっそくPDBファイルを読み込んでみます。PDBファイルとはタンパク質の立体構造情報をおさめたものであり、プロテインデータバンクウェブサイト http://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pdb/（もしくは本家 http://www.rcsb.org/pdb/）で無料で手に入ります。

＜PDBサイトでの操作＞

自分が見てみたいタンパク質の英語名を入力して検索するか、PDBコード（４文字の英数字）を知っていればそれを入力する。
有名なタンパク質では、１つのタンパク質で１０以上の立体構造が決定されている場合があります。今回は微生物のタンパク質分解酵素サチライシンの立体構造を読み込みます。
PDBコード: 1SCJ
これを検索し、Download/Display FileというリンクからDownload the Structure file: のPDBとnoneの欄のXをクリックしてファイルをダウンロードします。

MOLMOLアプリケーションに戻り、
[File] → [Read Mol] → [PDB...]
を選びます。
ダウンロードしたファイルを選択します。MacOS Xの場合、ファイル選択画面がいつもと違うので気をつけて下さい。基本的には同じですが、違いはフォルダが左のウィンドウ、ファイルが右のウィンドウに表示されるのと、１つ上のフォルダに戻る時は、フォルダ一覧の上から2番目の「 /.. 」をダブルクリックします。

うまく読み込めたら、青色の線のかたまりが表示されます。これは、タンパク質を構成する各原子間の結合を青色の線で表示したものです。この状態で、マウスでドラッグしてどう動くか確認して下さい。特に、マウスの右ボタン、中ボタン、左＋中ボタンなど、組み合わせによってズーム、移動、回転が切り替わります。ちなみにMacOS Xでは、以下のようになっています。

左ボタン　　：回転
中ボタン　　：移動
左＋中ボタン：ズーム

さらに、タンパク質上の青色の線をクリックすると、そこにある結合の詳細が画面下に表示されます。たとえば、
Selected bond between CA and C of THR242 of 1SCJ001 (attr:0)
となりました。これは、1SCJ001という分子名の、242番目のスレオニン(Thr)のCα(CA) とカルボニル基のCの間の結合を選択したという意味です。

4.きれいなリボンで表示

これだけではつまらないので、MOLMOLの長所であるリボン表示にしてみましょう。
全ての原子が選択されてなくては行けないので、とりあえずウィンドウ右のallというボタンを押します。これは現在選択できるものすべてを選択してくれます。

メニューの[File] → [Macro] → [Execute Standard...] を選びます。
ファイル選択ウィンドウの右の中からribbon.macを選びます。

（ない場合、現在のディレクトリ（フォルダ）が「macros」かどうか確かめて下さい。違う場合、フォルダ検索で「macros」を探し、ファイル選択ウィンドウでそこに移動。）

きれいなリボンが表示されましたか？

デフォルトだと、かなりすごい色合いです。
次に、このリボンの色も変えてみましょう。

5.色を変える

色を変えるには、ウィンドウ右側の

ボタンを押します。Color Dialogが表示されます。

s

ではリボンのうちの、平らなやじるし（β-シート）のどれかをクリックして選択して下さい。ウィンドウ下に
Selected Primitive 22 (attr:3) （番号はクリックするやじるしによって違う）
と表示されます。
次にColor Dialogウィンドウから好きな色の名前を選びます（yellow、magentaなど）。
「Prim」ボタンを押します。
色が変わりましたか？
同様にらせん部分（α-ヘリックス）を選択し、同様に色を付けます。α-ヘリックスの場合、外側と内側で色が変えられます。

α-ヘリックスの場合
　らせんの外側：Prim
　らせんの内側：Prim2

さらにもう１つ、背景の色を変えたい時は、「Back」ボタンを押します。他にも「Atom」や「Bond」といったボタンがありますが、後で説明します。

さて、ひとつひとつ選択するのは面倒ですね。α-ヘリックスすべてを、β-シートすべてを一度に選択できたら便利ですが、便利になるためにはコマンドラインを勉強する必要があります。コマンドラインの入力仕方は、別に説明します。

注意：MacOS Xでは、右の、色の名前をクリックしても、中央の黒い部分の色が変わりません（バグ？）。 LinuxPPCでもそうでした（IRIX版、WIndows版は正しい色が表示される）。しかし、分子の色は正しく表示されるので、最初からないものと思って使えば、全く問題ありません。

6.MOLMOLファイルの保存、読み出し

MOLMOLでは、保存ファイルは、dump fileと呼びます。そしてファイルの拡張子は「.mml」です。

ファイル保存　　：[File] → [Write Dump...]を選び、ファイル名をウィンドウの下の枠に書いて[OK]。
ファイル読み出し：[File] → [Read Dump...]を選び、.mmlファイル名を選んで[OK]。

この保存は、現在の設定をほぼ完璧に保存します。

7.画像の書き出し

きれいな画像ができたら、提出書類に、デスクトップに、プレゼンテーションに取り込みたいですね。MOLMOLでは、画像の書き出しにいくつかオプションが備わっています。
メニューから、
[File] → [Plot] → [JPEG...]
を選んでみて下さい。ファイル保存ウィンドウが開き、保存できます。JPEGの他にも、いろいろありますが、よく分からない時は、とりあえずJPEGかTIFF(こちらの方がきれいだがファイルサイズが大きい)にしておくといいでしょう。Windowsの場合は、TIFF書き出し用ファイルがインストールされていない場合があるので、BMPしか使えないことがあります。

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